El 21 de mayo, Rooney fue capitán del United en la final de la FA Cup 2015-16 contra el Crystal Palace. Una de las principales características del F. C. Barcelona es su carácter polideportivo. Luego de ser descartado el 13 de febrero debido a una lesión en la rodilla, volvió a los campos de juego como titular en la victoria por 1:0 sobre el Aston Villa el 16 de abril.