En 1998 se vuelve al Campeonato largo de 30 fechas, donde Cobreloa terminó 4° con 51 puntos. Autorizado a participar en el campeonato de aficionados de Menorca, en 1984 la UD Mahón recuperó temporalmente su primer equipo para competir en esta categoría. En 1999 llega el técnico Arturo Salah, aquel año traería alegría a la hinchada cobreloína, ya que terminó 3° con 40 puntos, y clasificó a la Copa Libertadores 2000. De esta manera, camisetas barça Cobreloa terminaría nuevamente en las posiciones de avanzada y recibiría el nuevo milenio disputando nuevamente la Copa Libertadores de América.
