En segunda fase terminó debajo de Peñarol y River Plate en su grupo. Una victoria en Avellaneda ante Peñarol en la penúltima fecha lo hubiese colocado en su octava final, pero perdió y dejó pasar otra chance de llegar a una octava final. Su primer partido oficial lo disputó el 19 de agosto, en la ida de la Supercopa de España, ante el Real Madrid en el Santiago Bernabéu. En el ámbito internacional, alcanzaron la final de la Supercopa Sudamericana 1989, certamen que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores.
