El Bayern también destacó por ser uno de los pocos clubes que se opuso al régimen de Adolf Hitler entre 1933 y 1945. En 2005 la Federación Alemana de Fútbol creó el premio «Julius Hirsch» por la tolerancia y contra el extremismo, que se otorgó al Bayern -precisamente por el papel que tuvo durante el régimen nacionalsocialista-. Un canterano debe permanecer al menos tres años en edad formativa en el club (15-21 años) para ser considerado como tal.
